尼罗罗非鱼和蓝头濑鱼的性腺转录组差异表达分析开题报告

 2023-02-14 09:39:47

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

硬骨鱼的性别决定机制不同于哺乳动物和鸟类,表现出明显不同的性发育模式,包括遗传性别决定系统(GSD)和环境性别决定系统(ESD)。

这种多样性可能源自硬骨鱼的很强的可塑性特征。

由遗传信号指导的主要性别分化可以被温度或内分泌化学物质中断或甚至逆转。

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2. 研究的基本内容和问题

1、研究目标(1)获得性腺转录组的基因表达情况,差异表达情况。

(2)差异表达基因的注释和富集。

2、研究内容通过分析两种鱼类性腺高通量测序转录组数据,研究两种不同鱼类性腺转录组的基因表达量,差异表达以及差异表达基因的功能注释和富集分析。

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3. 研究的方法与方案

1、研究方法获取NCBI数据库公开的蓝头濑鱼、罗非鱼性腺转录组数据, 通过Tophat2、Bowtie2、IGV等生物信息学软件,依次进行SNP分析、可变剪接事件预测、基因表达量分析、差异表达分析以及差异表达基因注释和富集。

实验方案(1)通过Trimmomatic等软件对测序数据修剪、过滤,获得Clean Reads。

(2)利用TopHat2将Clean Reads与参考基因组进行序列比对,获取在参考基因组或基因上的位置信息,以及测序样品特有的序列特征信息。

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4. 研究创新点

目前基于高通量测序技术的关于鱼类性逆转的研究还相对较少,有文献对蓝头濑鱼、罗非鱼进行性腺转录组分析。

同时将两种鱼类的性腺转录组差异表达进行分析的研究很少。

本研究分析两种不同鱼类性腺转录组的基因表达量,差异表达以及差异表达基因的功能注释和富集分析。

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5. 研究计划与进展

2015年9月2014年11月 查阅文献,确定实验计划及方案;2015年12月2016年5月 分析数据;2016年5月 根据数据分析结果并撰写论文。

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