1. 研究目的与意义
毕业设计（论文）的内容：首先介绍分子对接技术；接着具体解释阐述分子对接理论，包括：分子对接的一般原理，分子对接的一般模型以及分子对接的常用方法；然后介绍莲生物碱的研究进展及其应用；下一步就是实验的具体操作，首先了解莲生物碱的基本状况以及其研究进展；接着把查阅到的莲生物碱化学成分用ChemDraw画图软件画出结构图，在ChemBio3D 构建分子三维结构数据库。
之后在Linux 终端下运行Autodock 4. 2软件，依次加载洁净蛋白和能量优化后的化合物（配体），用Autogrid 计算格点能量，对接运算采用拉马克遗传算法，各化合物与蛋白之间的结合情况用半经验的自由能评价方法评价。
最后对数据进行分析处理并总结。
2. 文献综述
综述分子对接技术的研究陆尚（南京中医药大学药学院，江苏南京）摘要：分子对接技术对于药物的研究与开发方面具有相当重要的作用，此项技术有利于缩短药物的研发周期。
本文主要从分子对接的基本原理，以及分子对接空间和能量的匹配要求和优化时的一些方式进行阐述。
介绍研究分子对接的软件以及综述了此技术在药物设计、药物分析等方面的应用。
3. 设计方案和技术路线
1．了解认识ROCK1抑制剂查阅近年来国内外与ROCK1抑制剂相关文献，并进行总结与归纳。
通过查阅抗肿瘤相关文献，选取ROCK1抑制剂把标蛋白均有讲多临床及处于试验阶段的药物，抗肿瘤作用已被证实。
2．抗肿瘤中药小分子化合物库的建立把查阅到的莲生物碱化学成分用ChemDraw画图软件画出结构图，在ChemBio3D 构建分子三维结构数据库。
4. 工作计划
1月10日-1月20日：查询关于分子对接的相关文献；2月16日-2月底：60种莲生物碱的结构和性质了解和查阅，对其进行归纳和总结；3月初-3月底：在计算机上用ChemBioDraw Ultra12.0软件画出小分子2D平面图，在ChemBio3D Ultra 12.0软件中打开2D平面图，将其转化为3D立体结构并进行简单能量优化，即点击MM2与Minimize Energy进行简单的优化，后保存为pdb格式。
4月初-4月底：使用Autodock 4.2将小分子对接到蛋白活性位点，并用ADT软件包分析相应的结果。
所有小分子化合物与AcROCK1和BcROCK1对接时采用无偏置的对接方法。
5. 难点与创新点
特色：分子对接是依据酶的锁-钥匙原理，从已知结构的化合物及蛋白出发，通过计算机模拟、化学计量学计算，识别并预测受体-配体结合的方法，在预测蛋白质复合物结构和结合位点方面对探索作用机制具有重要的意义，并已广泛用于药物虚拟筛选、定量构效关系研究。
创新：应用计算机软件进行分子对接的研究，优势在于可以用更少的时间得到更准确的数据。
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