1. 研究目的与意义
研究内容:(1)查找文献,确定神经氨酸酶为流感病毒中有四大靶点之一,明确其作用机制,寻找合适的神经氨酸酶抑制剂;(2)其中以环己烯为母核的化合物是一种强效的神经氨酸酶抑制剂,在文献中查找一系列具有生物活性的抑制剂衍生物;(3)把这些化合物整理出,做成数据集,用Sybyl-X2.0软件进行呈维定量构效关系(3D-QSAR)研究,确定模板用比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似因子分析法(CoMSIA)建立3D-QSAR模型;(4)建立最佳的CoMFA和CoMSA模型,得到具有显著统计学意义、预测能力优良的3D-QSAR模型;(5)根据COMFA、COMSIA模型产生的StDev*Coeff等值线图(色块图),对活性最好的化合物结构修饰,并用所建3D-QSAR模型对所设计的新化合物进行活性预测,设计出几个理论中高活性的抑制剂分子;(6)根据文献,在PDB库中找出合适的神经氨酸酶晶体结构,并对所设计化合物做分子对接研究,对化合物进行打分,分析150-cavity附近氨基酸残基与配体的作用;(7)对化合物作进一步的分子动力学研究。
(8)合成所设计化合物,并进行生物测试。
意义:流感是一种全球性的传染性疾病,每年造成数十万人的死亡。
2. 文献综述
抗流感病毒药物神经氨酸酶抑制剂的研究进展汤佳敏摘要:流感是流感病毒引起的急性呼吸道传染病。
由于抗原变异频繁,疫苗的预防效果不理想,所以,抗流感病毒药物研究显得更加重要。
神经氨酸酶抑制剂,这类药物可同时抑制A,B型流感病毒,不易引起抗药性且耐受性好,已经在抗流感化学治疗药物研究中取得了重大突破性进展,由于神经氨酸酶抑制剂类药物独特的作用机制及疗效,目前,神经氨酸酶(唾液酸苷酶)抑制剂类抗流感药物的研发是整个研究领域的热点。
3. 设计方案和技术路线
研究方案:1.方法与材料:主要通过收集一系列神经氨酸酶抑制剂类似物抑制流感病毒的酶活性数据,最佳的3D-QSAR模型,通过对于模型的分析,设计出高效低毒安全的药物分子结构,并辅以分子对接,分子动力学模拟等技术探究配体-受体之间的相互作用,利用药效团虚拟筛选技术筛选流感病毒的药物新结构,依据所设计化合物加以合成,并得到生测数据,然后通过同源建模,分子对接和分子动力学模拟等技术理论证明其可以开发为新抗流感药靶点的猜想。
2.技术支持:(1)3D-QSAR(三维定量构象关系)模型;(2)分子对接技术;(3)分子动力学模拟技术;(4)虚拟筛选;(5)同源建模技术。
3.药物分子结构合成与生测。
4. 工作计划
2022年1月5日:与指导老师讨论,确定实验课题研究方向。
2022年1月6日2022年3月13:收集实验及论文的基本材料,展开初步尝试性实验,并提交开题报告。
2022年3月中旬3月下旬:在指导老师的指导下,进行初步实验,获取一些基本数据。
5. 难点与创新点
(1)以神经氨酸酶抑制剂为切入点,收集同一课题组大量化合物,所用靶点具有创新性;(2)3D-QSAR(三维定量构象关系)模型建好之后,分析色块图,自己设计药物结构分子;(3)对所设计药物分子进行合成,并作生测检验。
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