1. 本选题研究的目的及意义
微生物组是指特定环境中所有微生物及其遗传物质的总和，其在生态系统、人类健康、工业生产等方面发挥着至关重要的作用。
进化分类学作为生物学的基础学科之一，旨在阐明物种之间的进化关系，构建生命之树。
近年来，随着高通量测序技术的快速发展，微生物组序列数据呈现爆炸式增长，为微生物组进化分类学研究提供了前所未有的机遇。
2. 本选题国内外研究状况综述
微生物组研究近年来发展迅速，已成为生命科学领域的热点，而进化分类学作为其重要分支也得到了广泛关注。
利用高通量测序技术，研究者们积累了海量的微生物组数据，为深入挖掘微生物的进化关系提供了宝贵资源。
1. 国内研究现状
3. 本选题研究的主要内容及写作提纲
本研究将以微生物组序列大数据为研究对象，以流形学习为主要分析方法，探讨其在进化分类学中的应用。
主要内容包括以下几个方面：
1. 主要内容
4. 研究的方法与步骤
本研究将采用以下方法与步骤：
1.文献调研：查阅国内外相关文献，了解微生物组进化分类学、序列大数据分析、流形学习等领域的最新进展，为研究提供理论基础。
2.数据收集与预处理：从公共数据库（如NCBI、EBI等）获取微生物组序列数据，并进行质量控制、过滤、降噪等预处理操作。
3.流形学习方法选择与优化：根据数据特征和研究目标，选择合适的流形学习方法，并对其参数进行优化，以获得最佳的降维和分类效果。
5. 研究的创新点
本研究的创新点在于：
1.将流形学习方法应用于微生物组进化分类学研究，为解决传统方法在处理海量、高维数据时遇到的瓶颈提供新的思路和方法。
2.结合微生物组数据的特点，对现有的流形学习方法进行改进和优化，提高其在微生物组进化分类分析中的准确性和效率。
3.通过案例分析，验证基于流形学习的微生物组进化分类方法的有效性和可靠性，为其在实际应用中提供理论依据。
6. 计划与进度安排
第一阶段 （2024.12~2024.1）确认选题，了解毕业论文的相关步骤。
第二阶段（2024.1~2024.2）查询阅读相关文献，列出提纲
第三阶段（2024.2~2024.3）查询资料，学习相关论文
7. 参考文献（20个中文5个英文）
1. 赵海滨, 袁军. 流形学习及其在生物信息学中的应用[J]. 生物技术通讯, 2018, 29(5): 663-669.
2. 郭荣荣, 陈亮, 王超, 等. 人体微生物组与精准医疗[J]. 中国科学: 生命科学, 2019, 49(2): 134-145.
3. 秦俊杰, 薛宇, 苏志熙, 等. 大数据驱动的微生物组研究及应用[J]. 生物工程学报, 2022, 38(12): 4505-4522.
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